Come suggerisce il nome stesso nell'ideogramma giapponese, il vaso è parte integrante del bonsai; quindi, è fondamentale prestare attenzione alla sua scelta. La forma del vaso deve armonizzarsi con quella del bonsai, e le dimensioni del contenitore devono essere proporzionate alla pianta. È importante evitare l'errore di collocare una pianta piccola in un vaso troppo grande.

La lunghezza del vaso dovrebbe essere pari a due terzi dell'altezza del bonsai, mentre l'altezza del vaso dovrebbe avvicinarsi alla larghezza del colletto della pianta. Il vaso può avere diverse forme: quadrata, esagonale, rettangolare, ovale, a fiore di loto, con angoli smussati o meno. Un aspetto cruciale è che il vaso abbia sempre fori di drenaggio e un fondo perfettamente piano, senza avvallamenti, per evitare ristagni d'acqua che potrebbero causare il marciume delle radici.

Anche il colore del vaso è un elemento importante e deve accordarsi con i colori delle foglie e dei fiori della pianta, creando così un'armonia estetica complessiva.